Po absolvování Českoslovanské obchodní akademie v Praze a krátké vojenské službě nastoupil jako kancelářský praktikant do Škodovy strojírny v roce 1882. Jen co se zapracoval a vnikl do účetnictví podniku, šel ohlásit majiteli firmy, že jeho představený provádí ve svůj prospěch finanční machinace. Emil Škoda mu nepopřál sluchu a jeho hlášení odmítl. Mladý Šimonek byl ale vytrvalý a jeho poctivé duši se zlodějny příčily. Znovu šel k k majiteli firmy, tentokrát s důkazy. Viník byl okamžitě propuštěn a poctivý praktikant získal trvalou přízeň ing Škody.
Po nějaký čas zastupoval Škodovu továrnu v Rusku. Po návratu z Ruska vedl Šimonek obchodní kanceláře v Praze a Plzni, a když Škodovka přenesla v roce 1904 generální ředitelství do Vídně, nastupuje tam jako obchodní ředitel. Po vstupu Karla Škody do vedení podniku se stává, jako dlouholetý přítel Škodovy rodiny, jeho rádcem. Šimonek žil s rodinou ve Vídni celkem skromně a nepěstoval žádný přepych, který nesnášel ani u jiných lidí, Karla Škodu nevyjímaje. V jednání byl laskavý a taktní, a nechyběla mu diplomatická obratnost a houževnatost, kterou částokrát prokázal, např. v roce 1909, kdy se Škodovka a Kruppovy závody ucházely o získání objednávky na vybudování zbrojovky v Uhrách. Díky Šimonkovi zvítězila Škodovka. Krupp se spokojil s poskytnutím licence na konstrukční provedení děla a odstupným. Zajišťoval obchodní jednání po celé Evropě a seznámil se s bankéři a jinými vlivnými osobnostmi. z celé Evropy. Byl vždy opatrný a hrál spíše úlohu muže v pozadí, přenechávaje slávu Karlu Škodovi. Stal se jeho zástupcem. Těsně před koncem války, v roce 1918, se baron Škoda přičinil o povýšení svého poradce do šlechtického stavu.
Když se na podzim 1918 rakousko-uherská monarchie rozpadla, bylo generální ředitelství Škodovky ve Vídni a mateřský závod v Plzni. Firma měla milionové pohledávky u vojenské správy a miliardový dluh u vídeňských bank. V Plzni však zůstávaly značné hodnoty. Dobře zařízený závod, za války rozšiřovaný s moderními budovami a unikátním strojním vybavením. Prvořadým úkolem bylo opatřit nutný kapitál na udržení podniku v chodu. Ještě v listopadu 1918 se tohoto problému ujal Josef Šimonek. Vzpomněl si na přítele Victora Champigneula, který byl před válkou zástupcem Škodovky v Paříži. Napsal mu a v událostech nastal rychlý obrat. V sprnu 1919 začíná francouzská zbrojařská a strojírenská firma Schneider et Cie. kupovat akcie Škodových závodů u bank. Na valné hromadě 25. září 1919 vlastní Schneider 110 000 akcií z 225 000, a tím získávají Francouzi rozhodující slovo v řízení podniku.
Nová, na valné hromadě zvolená správní rada volí Josefa Šimonka svým předsedou. V roce 1923 na oslavu čtyřicetiletého jubilea práce Josefa Šimonka ve Škodových závodech se usnesla správní rada věnovat dělnictvu a úřednictvu jeden milion korun podpůrným fondům. Fond úředníků nesl od té doby název „Šimonkův podpůrný fond“. Podpůrný fond pro dělníky měl formu nadace a stejný cíl - podporovat členy a jejich rodiny v tísni způsobené nehodou nebo nemocí.
Vedle činnosti ve správní radě působil Šimonek jako senátor za agrární stranu, byl ve výboru České průmyslové banky, předsedal Svazu čs. průmyslníků a byl členem správní rady Báňské a hutní společnosti.